Discovering novel Carbohydrate-Active Enzymes in the cellulosome of anaerobic bacteria

263 Pages·2015·2.76 MB·English

UNIVERSIDADE DE LISBOA
Faculdade de Medicina Veterinária

Discovering novel Carbohydrate-Active Enzymes in
the cellulosome of anaerobic bacteria

Vânia Ondina Pedro Fernandes

CONSTITUIÇÃO DO JÚRI
PRESIDENTE: ORIENTADORES
Reitor da Universidade de Lisboa Doutor Carlos Mendes Godinho de Andrade
Fontes
VOGAIS: Doutor Luís Manuel dos Anjos Ferreira
Doutor José António Mestre Prates
Doutor Manuel D’Orey Cancela D’Abreu ORIENTADOR EMPRESARIAL
Doutor Carlos Mendes Godinho de Andrade Doutora Catarina Isabel Proença Duarte
Fontes Guerreiro
Doutora Ana Luísa Moreira de Carvalho
Doutora Teresa Paula da Costa Ribeiro

2015
LISBOA

UNIVERSIDADE DE LISBOA
Faculdade de Medicina Veterinária

Discovering novel Carbohydrate-Active Enzymes in
the cellulosome of anaerobic bacteria

Vânia Ondina Pedro Fernandes

TESE DE DOUTORAMENTO EM AMBIENTE EMPRESARIAL
(NZYTech, Lda – Genes & Enzymes)

DOUTORAMENTO EM CIÊNCIAS VETERINÁRIAS
ESPECIALIDADE EM CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E BIOMÉDICAS

CONSTITUIÇÃO DO JÚRI
PRESIDENTE: ORIENTADORES
Reitor da Universidade de Lisboa Doutor Carlos Mendes Godinho de Andrade
Fontes
VOGAIS: Doutor Luís Manuel dos Anjos Ferreira
Doutor José António Mestre Prates
Doutor Manuel D’Orey Cancela D’Abreu ORIENTADOR EMPRESARIAL
Doutor Carlos Mendes Godinho de Andrade Doutora Catarina Isabel Proença Duarte
Fontes Guerreiro
Doutora Ana Luísa Moreira de Carvalho
Doutora Teresa Paula da Costa Ribeiro
2015
LISBOA

Partes desta tese foram omitidas devido à confidencialidade das informações.

Portions of this thesis have been omitted to preserve confidentiality
ii
À minha Família
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Agradecimentos

Olhando para trás, a partir do momento em que agora me encontro e reflectindo sobre o que
foi esta caminhada de quatro anos de muito trabalho, entrega, dedicação e também de
sofrimento, posso dizer que foi um tempo bom. Aprendi e assimilei muitos conhecimentos,
valores, experiências e maturidade. Adquiri uma força de vontade tão grande para fazer as
coisas o melhor possível e conseguir ultrapassar todas as metas que me foram impostas,
incluindo as que eu coloco a mim mesma. Porém, como em tudo na vida, houve também as
partes más; a angústia em conseguir resultados, a incerteza e a dúvida sobre os melhores
caminhos a seguir, a dura tarefa e disciplina em conseguir conciliar o trabalho de
doutoramento com as tarefas e responsabilidades que tenho na empresa que me acolheu. O
sofrimento em saber se era capaz… Conhecendo-me como só eu me conheço e tendo à
partida uma certa “resistência” em fazer um doutoramento de âmbito académico, não foi fácil
a caminhada para chegar até aqui, em seguir uma via mais prática, mais voltada para a
realidade do trabalho, das empresas e do mercado. Mas felizmente, muitas foram as
pessoas que me ajudaram em todo este processo e aventura que é fazer, não só um
doutoramento, mas um doutoramento em ambiente empresarial, onde os clientes são
prioridade, as esperas não podem ser prolongadas, o tempo passa rápido... A todas essas
pessoas e entidades quero agradecer agora. Assim, o meu mais sincero obrigado:

À Fundação para a Ciência e Tecnologia pelo financiamento de parte da minha bolsa de
doutoramento;

À NZYTech, por me ter motivado a fazer o doutoramento em empresa, por me ter acolhido e
financiado parte da minha bolsa. Pelos meios físicos e materiais que me disponibilizou para
a realização de todo o trabalho. E por me encher de orgulho todos os dias por fazer parte da
equipa;

À Faculdade de Medicina Veterinária e ao CIISA por me terem aceite como estudante de
doutoramento e por terem disponibilizado meios físicos e materiais para a realização de todo
o trabalho;

Ao Professor Doutor Carlos Fontes, por ser mais que um orientador. Por ser meu amigo,
meu psicólogo e confidente durante todo este percurso. Por ser, para além de um
investigador excepcional e profissional dedicado a 100%, um excelente ser humano.
Obrigada por me fazer crescer e por acreditar em mim. Obrigada pela paciência;

v
Ao Professor Doutor Luís Ferreira, pela sua orientação e pelas palavras sábias no momento
certo. Acima de tudo, pela amizade, pelos conselhos e o incentivo com que sempre pude
contar e pela sua sensibilidade tocante;

Ao Professor Doutor José Prates, pelos ensinamentos que me transmitiu, pelo sentido de
organização e capacidade de trabalho e pela sua disponibilidade e simpatia constantes;

À Nádia Rodrigues, por todo apoio, carinho e dedicação que teve sempre para comigo. Pelo
ombro amigo e conselheiro. Por transmitir boa energia e entusiasmo em todos os
momentos, principalmente nas horas más. Obrigada por teres estado comigo nessas
alturas;

À Joana Brás e à Teresa Ribeiro, por terem sido os meus suportes importantes no início e
em muitos outros momentos. Pelo apoio em todas as tarefas laboratoriais, pelos
ensinamentos, pelos valores de trabalho e humanos, pela troca de ideias e boa disposição;

À Catarina Guerreiro, à Patrícia Ponte, à Filipa Sequeira e ao André Fernandes, por terem
partilhado grande parte do percurso da NZYTech, por termos aprendido juntos muitas coisas
sobre “como funciona uma empresa”, pelo apoio incondicional, pela troca de ideias e
experiências, pela boa disposição, pelo incentivo, pelo companheirismo. Em particular, à
Filipa Sequeira, por partilhar comigo todas as descobertas, frustrações, obstáculos e
aventuras do doutoramento em empresa;

À Andreia Peixoto, ao Diogo Comprido, ao Pedro Rio, ao João Belchior e à Vânia Cardoso
pela vossa capacidade de trabalho, por terem trazido um novo “fôlego” à NZYTech, pelo
espírito de entreajuda e companheirismo. Pela boa disposição, sentido de humor e sorriso
sempre presentes;

À Helena Santos, ao Fernando Vaz Dias, à Virgínia Pires, à Maria José Centeno, à Márcia
Correia e à Benedita Pinheiro pela ajuda incondicional, pelo espírito de entreajuda que me
transmitiram, pela capacidade que tiveram em fazer-me adaptar tão rápido e bem ao
laboratório de Nutrição Animal da Faculdade de Medicina Veterinária. Pelas gargalhadas
que trocámos, pelas palavras, pelo incentivo, e pela amizade;

À Ana Sofia Luís, pela amizade, pelo apoio sempre presente, por partilhar comigo parte do
trabalho. Pela motivação e força de vontade que transmite;

vi
À Immacolata Venditto, ao Pedro Bule, à Kate Cameron, ao Shabir Najmudin, à Susana
Martins, à Sofia Costa, à Marta Madeira e à D. Paula pela simpatia, boa disposição e boa
energia que transmitem e pelo apoio prestado sempre que necessário. In particular, Imma,
for the important support in the work, as well as in our travels, especially, with the English;

To Dr. Harry Gilbert and Dr. Arun Goyal for collaborating with our group and for being such
inspiring scientists;

Ao Instituto Superior de Agronomia na cedência de instalações para os ensaios de frangos e
a toda a equipa envolvida nos mesmos;

Ao Bruno, pela companhia durante a fase de escrita e pela motivação. Pela distração às
vezes necessária. Pela amizade e carinho;

À avó Alice, pela companhia, por me fazer sorrir e pela motivação;
Aos meus pais, Jorge e Maria Inocência, pelo apoio constante, pela motivação, pelo amor e
carinho. Por acreditarem em mim. Pela paciência. Agradeço-vos muito tudo o que já fizeram
por mim. São o meu porto de abrigo;

À Flávia, por tudo. Por estar sempre comigo mesmo estando longe. Pela motivação e pelo
apoio. Por me fazer acreditar nas minhas capacidades. Por tudo o que partilhamos e tudo o
que vivemos juntas.

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