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atalogue des offres de ompétenCes en biologie
Version de Juillet 2013
Aquitaine Science Transfert® est la Société d’Accélération du Transfert de Technologies de la région
Aquitaine (SATT Aquitaine). Créée en juillet 2012 à l’initiative du Programme des Investissements d’Avenir,
elle a pour objectifs la valorisation de la recherche académique et l’amélioration du processus de transfert
de technologies vers les entreprises.
Aquitaine Science Transfert® est porté par ses
actionnaires fondateurs que sont le PRES « Université
de Bordeaux », l’Université de Pau et des Pays de
l’Adour (UPPA), le Centre National de la Recherche
Scientifique (CNRS), l’Institut National de la Santé et de
la Recherche Médicale (INSERM) et la Caisse des Dépôts
et Consignations (CDC) pour le compte de l’Etat.
Aquitaine Science Transfert® est l’interlocuteur des
chercheurs pour la protection, la maturation et la
valorisation de leurs résultats de recherche. Elle les
accueille tout au long de l’année pour étudier leurs
résultats de recherche, les aider à déclarer leurs
inventions et définir une stratégie de protection et de
valorisation. Pour certains projets, elle investit dans la maturation technico-économique pour finaliser
l’invention et réaliser un transfert sur les marchés à courte ou moyenne échéance.
Aquitaine Science Transfert® est aussi l’interlocuteur des entreprises qu’elle accompagne pour répondre
efficacement à leurs besoins de développement de solutions innovantes. Elle les aide à trouver les
compétences scientifiques ou les briques technologiques nécessaires au développement de leurs
nouveaux produits, services ou savoir-faire. Trait d’union entre l’entreprise et la recherche publique, elle
facilite et sécurise les collaborations et la mise en œuvre des résultats.
Aquitaine Science Transfert® valorise aujourd’hui un territoire d’excellence en matière de recherche et
d’innovations comprenant 5 500 chercheurs, 3 100 doctorants, 136 laboratoires, 18 plateformes de tech-
nologies et 24 cellules de transfert. Aquitaine Science Transfert® gère un portefeuille de plus de 90 fa-
milles de titres et plus de 500 contrats de recherche partenariale par an.
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Offre de Prestations
Diagnostic Microbiologique :
MICROFLORA
Ô Compétences Ô Secteurs d’applications
Suivi de la microflore pendant la vinification et Microbiologie pour l’oenologie : vinification,
l’élevage des vins, élevage et vieillissement des vins.
Recherche de micro-organismes d’altération Écologie microbienne de la vigne au vin,
Contrôles d’implantation de levains industriels : Caractérisation génétique, biochimique et
levures et bactéries lactiques, physiologique des micro-organismes, pour les
Contrôle qualité des produits œnologiques, industriels
Projets d’études personnalisés nécessitant des Isolement, identification, sélection et mise en
compétences en microbiologie et des outils de collection de souches.
pointe issus de la recherche.
Développement d’outils innovants pour le dia-
gnostic en œnologie
Ô Présentation
MICROFLORA a été créée en février 2004 dans le but de valoriser les compétences du laboratoire de
Microbiologie de l’Unité de Recherche Œnologie, de l’Université Bordeaux Segalen.
MICROFLORA maîtrise une gamme complète de techniques. L’équipe assure l’analyse microbiologique des
vins, des boissons alcoolisées et du matériel vitivinicole par la mise en œuvre de techniques classiques de
microbiologie ainsi que des méthodes novatrices en génétique moléculaire et biochimie. Elle satisfait aussi la
demande d’autres industries pour la caractérisation des micro-organismes d’intérêt technologique.
MICROFLORA réalise des actions de formation à la demande d’entreprises du secteur viti-vinicole.
Ô Le Laboratoire Ô Techniques d’Analyses
Le Laboratoire de Microbiologie étudie les micro- Microbiologie classique (culture)
organismes du raisin et du vin à la fois au plan de Techniques microscopiques (épifluorescence)
leur physiologie et de leur incidence sur la quali- PCR., PCR quantitative, PCR-DGGE, PFGE
té du vin. Les avancées en génomique appliquée Profils génétiques : profils
non seulement à l’identification et au typage des d’amplification, profils de restrictions
souches mais aussi aux métabolismes, aboutissent Typages par VNTRs
à de réels progrès directement appliqués par les Typages par PCR delta
professionnels. Séquençage d’ADN
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Aquitaine Science Transfert
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac
T 33 (0)5 56 46 20 16 . M 33 (0)6 67 17 48 67
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Offre de Prestations
Analyse Contaminant Orga-
nique : CDTA
Ô Compétences Ô Secteurs d’applications
Le CDTA propose des prestations de service,
• Étude de Faisabilité
d’études et d’expertise dans le domaine de l’ana-
lyse des contaminants organiques. • Recherche et développement de méthod
La cellule traite entre 10 à 20 projets de transfert
• Analyses de hautes technicité
et d’expertise par an. Parmi les différents contrats
• Conseil et Expertise
dont le CDTA a assuré la mise en œuvre on peut
citer plusieurs expertises dans le cadre de la conta- • Mise à disposition de matériel
mination des eaux par les contaminants émergents
• Formation de personnel
(substances pharmaceutiques) ou par les hydrocar-
bures (marées noires).
Ô Présentation de l’activité
Adossée au Laboratoire de Physico et Toxico Chimie de
l’environnement (LPTC) le CDTA propose des prestations
de service, d’étude et d’expertise dans l’analyse des
contaminants organiques.
Parmi les expertises les plus réalisées par le CDTA on
peut citer l’étude de la contamination des eaux par
les contaminants émergents (substances pharmaceu-
tique), et une très forte compétence dans le domaine
des échantillonneurs passifs permettant par l’analyse
des polluants organiques piégés de rendre compte d’une
pollution moyennée dans le temps.
Ô Le Laboratoire Ô Équipement
Le CDTA est rattaché à l’équipe LPTC (Physico et GC-MS (chromatographie gazeuse/
Toxico-Chimie de l’Environnement) du laboratoire spectromètre de masse)
EPOC. GC-MS/MS (chromatographie en phase
Les activités du LPTC concernent la compréhension gazeuse/spectromètre de masse en
tandem)
des sources, du devenir et de l’impact toxique des
GC-TOF (chromatographie en phase
polluants organiques dans les différents comparti-
gazeuse/spectromètre de masse à temps
ments de l’environnement (eau, atmosphère, sol).
de vol)
LC-MS (chromatographie en phase liquide/ e
spectromètre de masse) i
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LC-MS/MS (chromatographie en phase
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liquide/spectromètre de masse en tandem
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LC-QTOF (chromatographie en phase o
Christian MASSUS liquide/spectromètre de masse à temps de Bi
Responsable Marketing vol)
Aquitaine Science Transfert
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac
T 33 (0)5 56 46 20 16 . M 33 (0)6 67 17 48 67
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Offre de Compétences
Suivi évolutif de milieux
aquatiques : Molluscan eye
Ô Avantages Concurrentiels Ô Marché Visé
Une technologie applicable dans le monde entier : Caractérisation fine de comportements pour
Possible sur tous types de mollusques bivalves, l’aide à la gestion d’écosystèmes (Ex : système
Toutes zones géographiques du pôle à l’équateur, d’alerte précoce de présence d’algues toxiques)
Tous types d’eau : salée/douce. et d’élevages (conchyliculture),
Totalement respectueuse de l’environnement et de Surveillance d’écosystèmes aquatiques expo-
l’animal (Non-Invasive), sés à des effluents industriels, agricoles ou des
Réel vecteur de communication institutionnelle et eaux usées (surveillance du lagon sud en Nouvelle
grand public (site l’Œil du Mollusque, http://www. Calédonie en cours), au réchauffement,
domino.u-bordeaux.fr/molluscan_eye/, mise à jour Surveillance de sites de stockages de polluants,
quotidienne des enregistrements), Couplage à des sondes multi-paramètres :
Une analyse disponible à demeure 7 jours sur 7, température, salinité, chlorophylle, turbidité…
24 heures sur 24 (GPRS/Internet),
Un système fonctionnant en autonomie totale :
Consommation 2 watts (alimentation via
panneaux solaires…),
Prévu et testé pour fonctionner sans inter-
vention sur site pendant au moins 12 mois.
Ô Présentation de la Technologie
La valvométrie (mesure de l’activité des valves de mollusques) est une technique qui permet d’enregistrer les
réactions d’huîtres, de moules, de bénitiers, etc, face aux changements de la qualité de l’eau dans laquelle
ils vivent.
Quand l’animal est soumis à une perturbation, il réagit, s’adapte ou subit un « stress ». Il se ferme alors anor-
malement, s’ouvre en permanence ou est perturbé jusqu’à modifier ses rythmes biologiques de fermeture/
ouverture. Cas extrême, il meurt et ses valves se bloquent en position ouverte.
Le suivi du comportement de bivalves permet donc de rendre compte jour après jour de leur état de santé et
au-delà, de l’évolution de la qualité de l’eau.
Ô Offre de Collaboration
Bureaux d’études dans le domaine de la propreté de
l’eau,
Sites industriels « sensibles » souhaitant maîtriser (ou
communiquer sur) la qualité de leurs effluents,
Organisations institutionnelles impliquées dans la
surveillance d’écosystèmes,
Recherche de sponsor : tous partenaires souhaitant
participer activement et communiquer sur le domaine
de l’environnement et du développement durable de
la planète :
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• Possibilité de choisir un « spot » spécifique du
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monde à surveiller, g
• Communication Interne/Externe via site Web Di- o
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dactique des données : L’œil du Mollusque (Mol- o
luscan eye), i
Christian MASSUS B
• Caution et éditoriaux scientifiques.
Responsable Marketing
Laboratoires : EPOC Environnements et paléoen-
Aquitaine Science Transfert vironnements OCéaniques (UMR 5805)
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac Tutelles : Université Bordeaux 1, Centre National
T 33 (0)5 56 46 20 16 . M 33 (0)6 67 17 48 67 de la Recherche Scientifique.
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Offre de Prestations
Géochimie, Environnement et
Océanologie : GEO transfert
Ô Prestations Ô Secteurs d’applications
GEO-Transfert propose des services et une exper-
La cellule propose des prestations regroupées en
tise scientifique et technique dans les domaines de
quatre thématiques :
la gestion des zones côtières :
• Qualité de l’eau — études et mesures
Surveillance et Qualité des eaux
• Hydrodynamique et dynamique sédimentaire
Télédétection et cartographie
— mesures et modélisation
Océanographie et hydrologie
• Télédétection spatiale Hydrodynamique
• Géomorphologie littorale Sédimentologie
Morphodynamique
Études d’impact
Ô Présentation
G.E.O. TRANSFERT propose des services et une expertise
scientifique et technique dans les domaines de la gestion de
la qualité des eaux et de la gestion des zones côtières. La cel-
lule met en oeuvre ou participe à des réseaux de surveillance.
Au travers de sa R&D, elle développe des outils innovants
d’aide à la gestion du littoral et réalise des études environ-
nementales.
G.E.O. TRANSFERT participe à la valorisation des recherches
menées par son laboratoire d’adossement, l’OASU-UMR
EPOC 5805 de l’Université Bordeaux 1. À ses côtés elle est
partenaire majeure en Aquitaine du projet INFOLITTORAL-1.
Labélisé par le Pôle de compétitivité mondial Aerospace
Valley, INFOLITTORAL-1 a été un des quatre projets du Pôle
financés par le dernier appel à projet FUI 9. GEO-Transfert
valorise son expérience en télédétection pour la surveillance du littoral grâce à ce projet. Coordonné par
SPOT Image, le projet permettra de développer et faire valoir le savoir-faire aquitain. Il doit aboutir à la
création de services commerciaux pour la surveillance du littoral.
Ô Le Laboratoire
EPOC (Environnements et Paléoenvironnements
Océaniques) étudie les domaines de l’écologie
littorale, des transferts de contaminants et de
l’écotoxicologie des milieux aquatiques, de la
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dynamique du trait de côte, de la paléoclima- i
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tologie et de la paléocéanographie, de la sédi-
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mentologie des marges continentales. l
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Aquitaine Science Transfert
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac
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Offre de Compétences
Fonctionnement ECOlogique et
BIOgéochimique des systèmes
Côtiers
Ô Le Laboratoire Ô Thématiques de recherche
Les recherches de l’équipe ECOBIOC s’adressent
spécifiquement à la structuration du vivant ainsi qu’à Santé des populations, qualité des écosystèmes
son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes cô-
tiers. La connaissance du fonctionnement des écosys- Étude de l’état de santé et de la dynamique
tèmes côtiers est appréhendée que par la prise en des populations : interactions entre pathogènes
considération du couplage entre sels nutritifs, ma- et mollusques bivalves, impact Multistress sur
la réponse des individus et des populations,
tière organique et organismes. Ce couplage s’ap-
étude sur la BMD (maladie émergente de la
puie sur des processus physiques (e.g., le pompage
palourde).
tidal) et biologiques (e.g., la bioturbation) étudiés
Évaluation de la qualité écologique des éco-
par l’équipe.
systèmes et composition des communautés.
Couplage biologie/biogéochimie à l’interface
eau-sédiment
L’écologie et la biogéochimie benthique constituent
un des atouts de l’équipe ECOBIOC aux plans na-
tional et international. Cette situation a permis à
l’équipe d’engager une étude réellement intégrée
du fonctionnement de l’interface eau-sédiment.
étude biogéochimique des environnements non
stationnaires,
étude mécanistique des processus de bioturba-
tion,
étude des interactions biologie-biogéochimie
par l’évaluation de l’impact de la diversité de
la macrofaune benthique sur la minéralisation
de la matière organique sédimentaire
Ô Équipement particulier
Mesures d’échanges de CO2 atmosphérique Flux de matière à l’échelle des écosystèmes
Mesures actographiques et imagerie dynamique
Plateforme de Biologie Moléculaire
L’axe interdisciplinaire « flux de matière à
Géochimie benthique : techniques de mesure in
l’échelle des écosystèmes » regroupe des spé-
situ à haute résolution
cialistes en biogéochimie et biologie dont les
Travaux en Mésocosmes / Microcosmes
recherches s’articulent autour des flux de ma-
Analyse des images de profils sédimentaires e
tière dans les méta-écosystèmes côtiers.
avec SpiArcBase i
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Laboratoires : EPOC Environnements et paléoen-
vironnements OCéaniques (UMR 5805)
Aquitaine Science Transfert
Tutelles : Université Bordeaux 1, Centre National
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac
de la Recherche Scientifique.
T 33 (0)5 56 46 20 16 . M 33 (0)6 67 17 48 67
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Offre de Compétences
Modélisation Expérimentale
et Télédétection en
Hydrodynamique Sédimentaire
Ô Le Laboratoire Ô Thématique de recherche
Les recherches de l’équipe METHYS visent à mieux Mesures et fonctionnement hydro-sédimentaire
comprendre et modéliser les phénomènes hydrody- des environnements littoraux et côtiers
namiques et sédimentaires côtiers et plus particuliè-
rement ceux concernant les environnements littoraux Comprendre le fonctionnement hydro-sédimen-
que sont les plages sableuses et les systèmes lagu- taire des environnements littoraux est crucial pour
naires et estuariens. Le point fort de notre démarche prédire leur évolution et celle des écosystèmes
est d’associer de façon étroite les mesures in situ, la associés suite au double impact du changement
télédétection et la modélisation théorique et numé- climatique et des activités humaines. Les études
rique. effectuées consistent à observer et à comprendre
les processus complexes intervenant à une échelle
spatio-temporelle locale, puis de les intégrer dans
Ô Équipement particulier des modèles à grande emprise.
Simulation de :
Modélisation et analyse physique des processus
• la propagation des vagues et la circulation in-
hydro-sédimentaires
duite
• la dynamique cross-shore des barres sableuses
• le transport de variables particulaires et dis- L’étude des processus physiques instationnaires,
soutes par advection/dispersion par les cou- très énergétiques, qui interagissent entre eux avec
rants. une dynamique fortement non-linéaire (vague/
• l’écoulement dans la couche limite des vagues vague conduisant au déferlement, la dynamique
et de la dynamique des rides sableuses sous des macrostructures tourbillonnaires et les phéno-
l’action des vagues. mènes de rétroaction entre l’hydrodynamique et
• le transport sédimentaire et le morphodyna- les barres sableuses littorales).
misme L’objectif est de progresser dans la compréhension
et la modélisation de ces phénomènes hydro-sédi-
Télédétection spatiale,
mentaires.
Télédétection aéroportée
Télédétection fixe
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Laboratoires : EPOC Environnements et paléoen-
Aquitaine Science Transfert vironnements OCéaniques (UMR 5805)
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac Tutelles : Université Bordeaux 1, Centre National
T 33 (0)5 56 46 20 16 . M 33 (0)6 67 17 48 67 de la Recherche Scientifique.
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Offre de Compétences
Transferts Géochimiques des
Métaux à l’interface continent
océan
Ô Le Laboratoire Ô Thématiques de recherche
L’équipe TGM «Transferts Géochimiques des
Métaux à l’interface continent océan» focalise ses L’activité scientifique est permise grâce au fort in-
activités de recherches sur la compréhension des vestissement scientifique et technique de l’équipe
cycles des ETM (Eléments Traces Métalliques) dans pour développer les moyens analytiques et la
les environnements aquatiques de la surface ter- capacité à assurer un échantillonnage de qualité
restre. Les travaux réalisés mettent l’accent sur la et adaptés aux différents environnements étudiés
compréhension des mécanismes de transferts des (sols, sédiments, eaux douces, eaux de transition
métaux et des métalloïdes dans les eaux douces, et marines,...). Le développement des moyens
intermédiaires et marines et dans les compartiments techniques (salles blanches, ICP-MS, couplages
solides transportés d’amont en aval. GC,HPLC,...) et des moyens de valorisation scienti-
fique (thèse, post-docs) des données produites sont
assurés par une activité d’études et de recherche
importantes.
Les principaux axes de recherches correspon-
dent à :
l’identification et la quantification des sources
naturelles et anthropiques,
l’estimation des flux métalliques et des bilans
de masses aux interfaces physico-chimiques
(atmosphère-eau-sédiments) et biologiques,
la connaissance des processus bio-géochi-
miques de remobilisation et la détermination
des formes chimiques (spéciation et biodispo-
nibilité potentielle des ETM),
Ô Équipement particulier
développement des outils isotopiques,
1 ICP-MS
construction de nouveaux traceurs de
2 Absorptions Atomiques
processus et de sources contrôlant les flux
1 Four d’Absorption Graphite
géochimiques et biologiques des métaux
2 Fluorescences Atomiques
trace qu’ils soient d’origine naturelle ou
Couplages
anthropique.
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Laboratoires : EPOC Environnements et paléoen-
vironnements OCéaniques (UMR 5805)
Aquitaine Science Transfert
Tutelles : Université Bordeaux 1, Centre National
Centre Condorcet .162 avenue Albert Schweitzer . 33600 Pessac
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Offre de Compétences
Ecotoxicologie Aquatique
Ô L’Equipe Ô Compétences de l’équipe
L’écotoxicologie, l’écophysiologie, la biochimie La contamination expérimentale du vivant par
les métaux traces (Cd, Zn, Cu, Hg, Pb, Mn), dans
- biologie moléculaire et les mathématiques ap-
l’eau ou la nourriture, et les interactions avec les
pliquées sont 4 axes forts de l’équipe. L’équipe
facteurs environnementaux comme la physico-
Ecotoxicologie Aquatique s’appuie pour réaliser
chimie de l’eau, le plancton, etc...,
c’est recherche sur un laboratoire d’analyse des mé-
La physiologie respiratoire (écophysiologie),
taux, un pôle microscopie optique et électronique,
la gestion d’O2 et de CO2 chez l’animal aqua-
un atelier électronique, une animalerie aquatique tique (crustacés, mollusques poissons),
soucieuse du respect des animaux complètent notre Les faibles, ou relativement faibles, concentra-
dispositif pluridisciplinaire. tions de métaux (différence entre toxicologie et
écotoxicologie),
Les expositions à moyen et long termes en
Ô Études en cours laboratoire,
La comparaison laboratoire / terrain,
La caractérisation de flux de contaminants le
La contamination par le Mercure en Guyane
long d’une chaîne trophique,
Française : Le développement de méthodes de « caging
Etendue du problème » raisonné,
Impact chez le poisson et les mammifères qui Les technologies faible stress en expérimenta-
mangent du poisson tion animale,
L’étude de l’impact des algues toxiques chez
La contamination par le cadmium du continuum Lot- les animaux filtreurs,
Garonne-Gironde : L’étude de l’impact écotoxique de particules
Vue d’ensemble, du terrain aux organismes et à d’or dans la chaine trophique de systèmes simpli-
fiés,
l’expression génique
Le développement de nouvelles technologies.
L’anguille, espèce touchée dans sa capacité de
migration
Les diatomées périphytiques, un modèle d’étude
aux niveaux populations et communautés
Une approche jusqu’au niveau moléculaire :
La protéine MDR1, une pompe à métaux qui
protège l’organisme
Fonction et expression des métallothionéines
chez les organismes
La valvométrie HFNI, du laboratoire au terrain
lointain
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Christian MASSUS B
Responsable Marketing
Laboratoires : EPOC Environnements et paléoen-
Aquitaine Science Transfert vironnements OCéaniques (UMR 5805)
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Description:Adossée au Laboratoire de Physico et Toxico Chimie de l'environnement (LPTC) le CDTA propose des prestations de service, d'étude et d'expertise
