Bioinformatics

351 Pages·2006·30.47 MB·English

by  Dilip K. Arora

AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY
AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY
VVOOLLUUMMEE 66
BBIIOOIINNFFOORRMMAATTIICCSS
This page intentionally left blank
AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY
AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY
VVOOLLUUMMEE 66
BBIIOOIINNFFOORRMMAATTIICCSS
EEddiitteedd bbyy
DDiilliipp KK.. AArroorraa
CCeennttrree ooff AAddvvaanncceedd SSttuuddyy iinn BBoottaannyy
BBaannaarraass HHiinndduu UUnniivveerrssiittyy
VVaarraannaassii,, IInnddiiaa
RRaannddyy MM.. BBeerrkkaa
NNoovvoozzyymmeess BBiiootteecchh,, IInncc..
11444455 DDrreeww AAvveennuuee
DDaavviiss,, CCAA 9955661166--44888800,, UUSSAA
GGaauuttaamm BB.. SSiinngghh
CCeenntteerr ffoorr BBiiooiinnffoorrmmaattiiccss
DDeeppaarrttmmeenntt ooff CCoommppuutteerr SScciieennccee
&& EEnnggiinneeeerriinngg,, OOaakkllaanndd UUnniivveerrssiittyy
RRoocchheesstteerr,, MMII 4488330099,, UUSSAA
ELSEVIER
AAmmsstteerrddaamm -– BBoossttoonn –- HHeeiiddeellbbeerrgg -– LLoonnddoonn –- NNeeww YYoorrkk –- NNeeww DDeellhhii
OOxxffoorrdd –- PPaarriiss –- SSaann DDiieeggoo -– SSaann FFrraanncciissccoo -– SSiinnggaappoorree –- SSyyddnneeyy -– TTookkyyoo
EEllsseevviieerr
RRaaddaarrwweegg 2299,, PPOO BBooxx 221111,, 11000000 AAEE AAmmsstteerrddaamm,, TThhee NNeetthheerrllaannddss
TThhee BBoouulleevvaarrdd,, LLaannggffoorrdd LLaannee,, KKiiddlliinnggttoonn,, OOxxffoorrdd O0XX55 11GGBB,, UUKK
FFiirrsstt eeddiittiioonn 22000066
CCooppyyrriigghhtt ©© 22000066 EEllsseevviieerr BB..VV.. AAllll rriigghhttss rreesseerrvveedd
NNoo ppaarrtt ooff tthhiiss ppuubblliiccaattiioonn mmaayy bbee rreepprroodduucceedd,, ssttoorreedd iinn aa rreettrriieevvaall ssyysstteemm
oorr ttrraannssmmiitttteedd iinn aannyy ffoorrmm oorr bbyy aannyy mmeeaannss eelleeccttrroonniicc,, mmeecchhaanniiccaall,, pphhoottooccooppyyiinngg,,
rreeccoorrddiinngg oorr ootthheerrwwiissee wwiitthhoouutt tthhee pprriioorr wwrriitttteenn ppeerrmmiissssiioonn ooff tthhee ppuubblliisshheerr
PPeerrmmiissssiioonnss mmaayy bbee ssoouugghhtt ddiirreeccttllyy ffrroomm EEllsseevviieerr’'ss SScciieennccee && TTeecchhnnoollooggyy RRiigghhttss
DDeeppaarrttmmeenntt iinn OOxxffoorrdd,, UUKK:: pphhoonnee ((++4444)) ((00)) 11886655 884433883300;; ffaaxx ((++4444)) ((00)) 11886655 885533333333;;
eemmaaiill:: ppeerrmmiissssiioonnss@@eellsseevviieerr..ccoomm.. AAlltteerrnnaattiivveellyy yyoouu ccaann ssuubbmmiitt yyoouurr rreeqquueesstt oonnlliinnee bbyy
vviissiittiinngg tthhee EEllsseevviieerr wweebb ssiittee aatt hhttttpp::////eellsseevviieerr..ccoomm//llooccaattee//ppeerrmmiissssiioonnss,, aanndd sseelleeccttiinngg
OObbttaaiinniinngg p peerrmmisisssioionn t oto u ussee E Elslseevvieier rm maatetreirailal
NNoottiiccee
NNoo rreessppoonnssiibbiilliittyy iiss aassssuummeedd bbyy tthhee ppuubblliisshheerr ffoorr aannyy iinnjjuurryy aanndd//oorr ddaammaaggee ttoo ppeerrssoonnss
oorr pprrooppeerrttyy aass aa mmaatttteerr ooff pprroodduuccttss lliiaabbiilliittyy,, nneegglliiggeennccee oorr ootthheerrwwiissee,, oorr ffrroomm aannyy uussee
oorr ooppeerraattiioonn ooff aannyy mmeetthhooddss,, pprroodduuccttss,, iinnssttrruuccttiioonnss oorr iiddeeaass ccoonnttaaiinneedd iinn tthhee mmaatteerriiaall
hheerreeiinn.. BBeeccaauussee ooff rraappiidd aaddvvaanncceess iinn tthhee mmeeddiiccaall sscciieenncceess,, iinn ppaarrttiiccuullaarr,, iinnddeeppeennddeenntt
vveerriiffiiccaattiioonn ooff ddiiaaggnnoosseess aanndd ddrruugg ddoossaaggeess sshhoouulldd bbee mmaaddee
LLiibbrraarryy ooff C Coonnggrreessss CCaattaallooggiinngg--iinn--PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa
AA ccaattaalloogg rreeccoorrdd ffoorr tthhiiss bbooookk iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee LLiibbrraarryy ooff CCoonnggrreessss
BBrriittiisshh LLiibbrraarryy CCaattaalloogguuiinngg iinn PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa
AA ccaattaalloogguuee rreeccoorrdd ffoorr tthhiiss bbooookk iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee BBrriittiisshh LLiibbrraarryy
IISSBBNN--1133:: 997788--00--444444--5511880077--11
IISSBBNN--1100:: 00--444444--5511880077--XX
FFoorr iinnffoorrmmaattiioonn oonn aallll EEllsseevviieerr ppuubblliiccaattiioonnss
vviissiitt oouurr wweebbssiittee aatt bbooookkss..eellsseevviieerr..ccoomm
PPrriinntteedd aanndd bboouunndd iinn TThhee NNeetthheerrllaannddss
0066 0077 0088 0099 1100 1100 99 88 77 66 55 44 33 22 11
Working together to grow
libraries in developing countries
v.elsevier.com v.bookaid.org | www.sabre.org
ELSEVIER BOOK AID Sabre Foundation
International
v
Editors
Dilip K. Arora*
Centre of Advanced Study in Botany
Banaras Hindu University
Varanasi, 221005 India
E-mail: [email protected]
Randy M. Berka
Novozymes Biotech, Inc.
1445 Drew Avenue
Davis, CA 95616-4880, USA
E-mail: [email protected]
Gautam B. Singh
Center for Bioinformatics
Department of Computer Science
& Engineering, Oakland University
Rochester, MI 48309, USA
E-mail: [email protected]
Editorial Board
Frank Kempkcn Christian Albrechts Universitat zu, Kiel, Germany
George G Khachatourians University of Saskatchewan, Canada
B. Franz Lang Universite de Montreal, Canada
Yctng Hawn Lee Seoul National University, South Korea
Brendan Loftus Eukaryotic Genomics, TIGR, USA
Giuseppe Macino Molecolare Policlinico Umberto, Italy
Gregory S. May Anderson Cancer Center, USA
Mary Anne Nelson University of New Mexico, USA
Helena Nevalainen Macquarie University, Australia
Gary A. Payne North Carolina State University, USA
Merja Penttila VTT Biotechnology, Finland
Ralph Prade Okalhoma State Univesrity, USA
Alberto Luis Rosa Instituto de Investigacion Medica, Argentina
Nagoya University, Japan
Tsuge Takashi
Friedrich-Schiller-Universitaet Jena, Germany
Johannes Wostemeyer
The Hebrew Universtiy of Jerusalem, Israel
Oded Yarden
Novozymes Biotech, Inc., USA
Debbie Sue Yaver
*Present affiliation: National Bureau of Agriculturally Important Microorganisms, Kusmaur
P. 0. Box 6, Mau Nath Bhanjan, Uttar Pradesh 275 101, India
This page intentionally left blank
vii
Contents
Editorial Board for Volume 6 v
Contents vii
Contributors ix-xi
Preface xiii-xiv
SECTION A: PRINCIPLES
Experimental Design and Analysis of Microarrary Data 1
Claire H. Wilson, Anna Tsykin, Christopher R. Wilkinson and
Catherine A. Abbott
Method for Protein Homology Modelling 37
Melissa R. Pitman and R. Ian Menz
Phylogenetic Network Construction Approaches 61
Vladimir Makarenkov, Dmytro Kevorkov and Pierre Legendre
Issues in Comparative Fungal Genomics 99
Tom Hsiang and David L. Baillie
SECTION B: TOOLS
Fungal Genomic Annotation 123
Igor V. Grigoriev, Diego A. Martinez and AsafA. Salamov
Bioinformatics Packages for Sequence Analysis 143
Yeisoo Yu and Sangdun Choi
A Survey of Computational Methods Used in Microarray 161
Data Interpretation
Brian Tjaden and Jacques Cohen
Computational Methods in Genome Research 179
Manoj Bhasin and G. P. S. Raghava
Creating Fungal Pathway/Genome Databases Using Pathway Tools 209
Suzanne M. Paley, Michelle Green, Markus Krummenacker and Peter D. Karp
Comparative Genomic Analysis of Glycoylation Pathways in 227
Yeast, Plants and Higher Eukaryotes
Shoba Ranganathan, Sangdao Wongsai and K. M. Helena Nevalainen
SECTION C: APPLICATIONS
LARaLINK 2.0: Data Mining for Clinical Cytogenetics 249
Adrian E. Platts, Dawei Wang, Brian Fayz, Robert Lennie, Bin Yao
and Stephen A. Krawetz
Sequence-Based Analysis of Fungal Secretomes 277
Nicholas O'Toole, Xiang Jia Min, Gregory Butler, Reginald Storms
and Adrian Tsang
Using Web Agents for Data Mining of Fungal Genomes 297
Audrius Meskauskas
Searching Biological Databases Using Biolinguistic Methods 311
Gautam B. Singh
Keyword Index 333
This page intentionally left blank
ix
Contributors
Catherine A. School of Biological Sciences, Flinders University, PO Box 2100,
Abbott Adelaide, South Australia.
David L. Baillie Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon
Fraser University, Burnaby, B.C., V5A1S6, Canada.
Manoj Bhasin Institute of Microbial Technology, Sector 39 A, Chandigarh, India.
Gregory Butler Department of Computer Science, Concordia University,
Montreal, Quebec, H3G 1M8, Canada.
Sangdun Choi Department of Biological Sciences, College of Natural Sciences,
Ajou University, Suwon, 443-749, Korea; Department of
Neurobiology and Anatomy, The University of Texas Medical
School at Houston, Houston, TX77030, USA.
Jacques Cohen Volen Center for Complex Systems, Brandeis University, Waltham,
MA 02454, USA.
Brian Fayz Bioinformatics Facility, Applied Genomics Facility, Wayne State
University, Detroit, MI 48201, USA.
Michelle Green Bioinformatics Research Group, SRI International, Ravenswood
Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA.
Igor V. US Department of Energy Joint Genome Institute, Walnut Creek,
Grigoriev CA 94598, USA.
Department of Environmental Biology, University of Guelph,
Tom Hsiang
Guelph, Ontario, NIG 2W1, Canada.
Bioinformatics Research Group, SRI International
Peter D. Karp
333 Ravenswood Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA.
Dmytro Departement d'informatique, Universite du Quebec a Montreal,
Kevorkov C.P. 8888, succ. Centre- Ville, Montreal, Canada.
Stephen A. Department of Obstetrics and Gynecology, Center for Molecular
Krawetz Medicine and Genetics, Institute for Scientific Computing, Wayne
State University, Detroit, MI 48201, USA.
Markus Bioinformatics Research Group, SRI International,
Krummenacker Ravenswood Ave, EK207, Menlo Park, CA 94025, USA.