Ana Raquel Pinho Freitas ECOLOGY AND EVOLUTION OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE IN ...

383 Pages·2011·33.01 MB·English

by  Ana Fernandes

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Ana Raquel Pinho Freitas

ECOLOGY AND EVOLUTION OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE
IN ENTEROCOCCUS: A MULTILAYERED MOLECULAR
APPROACH WITH EMPHASIS IN THE PLASMID DIVERSITY

Tese do 3.º Ciclo de Estudos Conducente ao Grau de Doutoramento em Ciências
Farmacêuticas na Especialidade de Microbiologia

Tutors:

Doutora María Teresa Coque Professora Doutora Luísa Vieira Peixe
Servicio de Microbiología, Faculdade de Farmácia
Instituto Ramón y Cajal de Investigación Universidade do Porto, Portugal
Sanitaria (IRYCIS), Madrid, Spain

April 2011
DE ACORDO COM A LEGISLAÇÃO EM VIGOR, NÃO É PERMITIDA A REPRODUÇÃO
DE QUALQUER PARTE DESTA TESE.
Ecology and evolution of antimicrobial resistance in
Enterococcus: a multilayered molecular approach with emphasis
in the plasmid diversity

This work was financially supported by research grants from:

• Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Ministério da Ciência, Tecnologia e
Ensino Superior of Portugal
(fellowship SFRH/BD/24604/2005)
(Research Scientific Projects POCI/AMB/61814/2004 and POCI/SAL/61385/2004)

• European Union. Sixth Framework Programme – Approaches to control multi-
resistant enterococci (ACE-LSHE-2007-037410)

• Ministry of Science and Innovation from Spain (PI 07/1441, PS09/02381)

• Ministerio de Educación y Ciencia of Spain, Programa Acciones Integradas
Hispano-Portuguesas (H2004-0092)

• Fondo de Investigaciones Sanitarias, Ministry of Health of Spain (PI 06/1141)

Ao Bruno

Aos meus pais e ao meu irmão

Agradecimentos (Acknowledgements)

Às minhas orientadoras, Dra. Teresa Coque e Prof. Doutora Luísa Peixe, que me
iniciaram nesta viagem cientifica, quero expressar o meu sincero e profundo
agradecimento pela oportunidade de integrar a vossa equipa de trabalho quando as
solicitei e a confiança depositada desde o início. Pela orientação cientifica, pela revisão
critica e aprendizagem constante, pela disponibilidade e amizade incansáveis, bem como
pelas palavras de reconhecimento carinhosamente dirigidas, fonte de renovado estímulo
para a concretização desta tese. Muito obrigada por esta oportunidade que seguramente
marcará o meu percurso profissional e pessoal.

À Prof. Doutora São José Nascimento, pela oportunidade de realizar este trabalho no
Laboratório de Microbiologia da Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto.
A todos os Prof. Doutores do Serviço de Microbiologia, quero agradecer a simpatia com
que me receberam e a disponibilidade demonstrada.
À Cristina Costa e ao Nuno Oliveira, colaboradores essenciais no dia a dia do Laboratório
de Microbiologia, agradeço o apoio e incentivo ao longo deste percurso. Obrigada pela
companhia, pelo bom humor e pela prontidão em ajudar!

À companheira de equipa no mundo dos coconuts, Carla Novais, quero registar e
agradecer de forma especial todo o apoio demonstrado desde o primeiro dia. Pela
disponibilidade, pelo que aprendi durante a nossa convivência, pelos desabafos nos
momentos mais difíceis, mas também pelos muitos bons momentos e risadas dos últimos
anos. Obrigada por estares presente em fases cruciais deste trabalho.

À Patrícia Antunes, Sandra Quinteira e Filipa Grosso, companheiras assíduas dos últimos
anos, agradeço o carinho com que me receberam, a partilha de conhecimentos, a
amizade e incentivo sempre presentes dentro e fora do laboratório, as animadas
aventuras dos congressos internacionais! Ficarão para sempre na minha memória os
bons momentos que passamos.

Ao Jorge Oliveira, pela ajuda crucial em momentos importantes, pela paciência infinita em
ensinar os avanços da informática que tento acompanhar, pela amizade e apoio
constantes.

À Elisabete Machado, que sempre me apoiou nesta caminhada com palavras de alento e
motivação mesmo à distancia.

! vii!
Aos membros mais recentes Eduarda Silveira e Raquel Branquinho, agradeço o apoio e
ajuda sempre presentes.

Ao Dr. Fernando Baquero, por me ter recebido sempre de forma amistosa nas muitas
estadias no Serviço de Microbiologia do Hospital Ramón y Cajal de Madrid, pela
oportunidade de integrar a sua equipa de investigação nomeadamente em projectos
internacionais, pelo incentivo e apoio em diferente etapas. Será sempre para mim uma
referência tanto a nível profissional como pessoal.

Ao Prof. Doutor Rafael Cantón e a todos os membros do Serviço de Microbiologia do
Hospital Ramón y Cajal, agradeço a forma carinhosa com que sempre me receberam e o
apoio constante.
A todos os companheiros das aventuras internacionais, em especial à Tânia, Aida,
Arancha, Carmen, Maria, Marta, Elia e Manu, que sempre me fizeram sentir em casa. À
Ana Sofia Tedim e Patricia Ruiz-Garbajosa, pela colaboração activa em muitos trabalhos,
pelo apoio e entreajuda constantes. Uma menção especial à amiga de longa data Ângela
Novais que foi essencial na minha integração no laboratório mas também no quotidiano
das estadias em Madrid, obrigada pelos bons momentos que aí passamos, pelo apoio e
amizade inesgotáveis!

A investigadores de outros países com os quais convivi em reuniões de trabalho, Vicky
Francia, Guido Werner, Jenny Laverde, Rob Willems, Lars Jensen, Anette Hammerum e
Camila Lester, obrigada pela oportunidade de partilhar conhecimentos científicos e pela
simpatia com que sempre me trataram.

A todos os alunos de Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas da Faculdade de
Farmácia do Porto, Rosa Silva, Rosa Correia, Márcia Monteiro, João Pires e Ana Cunha,
que comigo colaboraram.

A todos os familiares e amigos (os mesmos de sempre e de longos anos) que me
apoiaram e compreenderam a minha ausência em momentos importantes.

À Fundação para a Ciência e Tecnologia, agradeço o apoio financeiro concedido ao
longo de quatro anos de investigação bem como ajudas de custo para estadias e
congressos no estrangeiro.

! viii!
Por último, mas com um lugar muito especial neste capitulo da minha vida, agradeço à
minha família. No Bruno, nos meus pais e irmão, reconheço a força motriz que me
permitiu iniciar e encerrar este projecto. Não há palavras para expressar o apoio
incondicional que esteve sempre presente e que de forma discreta, mas decisiva,
contribuiu para este sucesso. Ainda à Mariana que já mostra vida dentro de mim e que
me alentou nesta recta final. Para vocês, o meu mais sincero e profundo obrigada.

Um trabalho de investigação nunca é um trabalho solitário, mas sim a confluência do
esforço e dedicação de muitos.

A todos que de alguma forma contribuíram para este projecto nos últimos anos, um muito
OBRIGADA!

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“Como todas as coisas contribuíram para o seu crescimento, você deveria incluir todas as coisas
em seu agradecimento.”
(Wallace Wattles, 1860-1911)!
! ix!